اسماعيل عبد السلام أحمد هنية ولد في مخيم الشاطئ للاجئين في الثالث والعشرين من مايو عام 1963 ، ثم تعلم في الجامعة الإسلامية في غزة ، وفي عام 1987 تخرج من الجامعة الإسلامية بعد حصوله على إجازة في الأدب العربي، ثم حصل على شهادة الدكتوراه الفخرية من الجامعة الإسلامية عام 2009.

بدأ هنية نشاطه داخل الكتلة الإسلامية التي كانت تمثل الذراع الطلابي للإخوان المسلمين، ومنها انبثقت حركة المقاومة الإسلامية حماس ، وعمل عضوا في مجلس طلبة الجامعة الإسلامية في غزة بين عامي 1983 و1984، ثم تولى في السنة الموالية منصب رئيس مجلس الطلبة، حيث عرفت الجامعة في هذه الفترة خلافات حادة بين الكتلة الإسلامية، والشبيبة الفتحاوية التي مثلت الذراع الطلابية لحركة فتح التي كان يترأسها دحلان في الجامعة. وبعد تخرجه عمل معيداً في الجامعة، ثم تولى الشؤون الإدارية بعد ذلك.

وبعد قضاء عام في المنفى عاد إلى غزة، وتم تعيينه عميداً في الجامعة الإسلامية بغزة.

وعام 1997 تم تعيينه رئيساً لمكتب الشيخ أحمد ياسين ، الزعيم الروحي لحركة حماس، بعد إطلاق سراحه. تعزز موقعه في حركة حماس خلال انتفاضة الأقصى بسبب علاقته بالشيخ أحمد ياسين وبسبب الاغتيالات الإسرائيلية لقيادة الحركة. في ديسمبر 2005 ترأس قائمة التغيير والإصلاح التي فازت بالأغلبية في الانتخابات التشريعية الفلسطينية الثانية عام 2006م.

في 16 فبراير 2006 رشحته حماس لتولي منصب رئيس وزراء فلسطين وتم تعيينه في العشرين من ذلك الشهر. في 30 حزيران 2006 هددت الحكومة الإسرائيلية باغتياله ما لم يفرج عن الجندي الاسرائيلي الأسير جلعاد شاليط.

شغل منصب رئيس وزراء فلسطين، بعد فوز حركة حماس بأغلبية مطلقة في انتخابات المجلس التشريعي الفلسطيني عام 2006م، ثم أقاله رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية محمود عباس في 14 يونيو 2007 في خطوة مثار الجدل حولها، بعد أحداث الحسم العسكري في يونيو 2007، فصار يلقب من قبل أغلب أجهزة الإعلام والسلطة الوطنية الفلسطينية برئيس الحكومة المقالة القائمة بتصريف الأعمال حسب الدستور الفلسطيني، إلى أن يتم منح الحكومة التي كُلف بتشكيلها سلام فياض الثقة من المجلس التشريعي الفلسطيني.

في 14 حزيران 2007 تمت إقالة هنية من منصبه كرئيس وزراء من قبل رئيس السلطة الوطنية الفلسطينية محمود عباس وذلك بعد سيطرة كتائب الشهيد عزالدين القسام الجناح العسكري لحركة حماس على مراكز الأجهزة الأمنية في قطاع غزة، رفض هنية القرار لأنه اعتبره "غير دستوري" ووصفه بالمتسرع مؤكداً "أن حكومته ستواصل مهامها ولن تتخلى عن مسؤولياتها الوطنية تجاه الشعب الفلسطيني"، واعتبر المجلس التشريعي الفلسطيني الإقالة تصرفا غير قانونيا واستمر في منصبه في قطاع غزة كرئيس للحكومة المقالة القائمة بتصريف الأعمال لحين منح الثقة لحكومة أخرى من المجلس التشريعي.

في 25 يوليو 2009م وفي أثناء حفل تخرج الفوج الثامن والعشرين في الجامعة الإسلامية بغزة منحت إدارة الجامعة دولة الرئيس إسماعيل هنية شهادة الدكتوراه الفخرية ووسام الشرف من الدرجة الأولى تقديراً لجهوده في خدمة القضية الفلسطينية.

نادى هنية ب المصالحة الفلسطينية مع حركة فتح وأعلن قبوله مرات عدة التنازل عن رئاسة الحكومة في إطار المصالحة الشاملة، وتنازل عنها فعليا في 2يونيو/ حزيران 2014 لرامي الحمدالله، وقال هنية عند تسليمه الحكومة: " إنني أسلم اليوم الحكومة طواعية وحرصا على نجاح الوحدة الوطنية والمقاومة بكل أشكالها في المرحلة القادمة".

في السادس من شهر مايو 2017 انتخاب اسماعيل هنية رئيسا للمكتب السياسي لحركة حماس ، حيث قال خالد مشعل أن مجلس الشورى العام الجديد لحركة حماس انتخب هنية رئيسا للمكتب السياسي لحماس.