تبدأ أحداث فيلم "الفيل الأزرق 2" بعد 5 سنوات من أحداث الجزء الأول، حيث يتم استدعاء د. يحيى راشد لقسم الحالات الخطرة (8 غرب حريم)، ويلتقي هناك بمن يتلاعب بحياته وحياة أسرته، ليستعين يحيى بحبوب الفيل الأزرق فى محاولة منه للسيطرة على الأمور وحل الألغاز التى تواجهه.

ويقرر يحيى العودة للعمل بجعبة جديدة والبدء من جديد، حين يُطلب منه كتابة تقريرٍ عن مريضٍ نفسي، ينصدم عندما يعلم أن هذا المريض هو صديقه القديم الدكتور شريف ماهر الكردي (خالد الصاوي). تتعقد الأحداث لتكشف لنا عن أسرارٍ مثيرة تتعلق بأبطال العمل ولتُزيح الستار عن جبلٍ من الغموض.

بعد عُزلته الاختيارية يستأنف د. يحيي راشد إبراهيم عمله في المستشفى حيث يجد في انتظاره مفاجأة، ففي "8 غرب"، القسم الذي يقرر مصير مُرتكبي الجرائم، يُقابل صديقاً قديماً هو الدكتور شريف الكردي (خالد الصاوي) الذي يحمل إلى يحيى ماضياً جاهد طويلاً لينساه لأنه شقيق حبيبته القديمة لبنى ماهر الكردي (نيللي كريم) التي تتزوج من رجل يكبرها سنا وتنجب منه.

تعصف المفاجآت بيحيى وتنقلب حياته رأساً علي عقب، ليدخل في محاولة لاكتشاف حقيقة صديقه، وفي رحلةُ مثيرة لاكتشاف نفسه أو ما تبقي منها.